Aunque es notable la mejora de la esperanza de vida de las personas con FQ, se han puesto de manifiesto nuevos problemas derivados de la enfermedad.
Debido al defecto de la pared celular en el aparato reproductor, tanto masculino como femenino, se presenta bajo índice de fertilidad y azooespermia en los hombres, aunque esto no impide que algunas mujeres con FQ hayan sido madres.
Actualmente se desarrollan estudios y técnicas de fertilidad que hacen que este no sea un problema de la importancia del resto de los derivados de la FQ.